Die ökologische Landwirtschaft hat den Anspruch, sich für die Bereiche Naturschutz und Förderung der Biodiversität, aktiv einzusetzen. Der Verbund Ökohöfe hat sich zum Ziel gesetzt, diese Aspekte mit einer funktionierenden und ertragsstarken Landbewirtschaftung zu verbinden.

Zur Förderung der Biodiversität auf den Mitgliedsbetrieben wurde ein Biodiversitätshandbuch (QS-05) ausgearbeitet. Der Verbund Ökohöfe zeigt dazu innerhalb der Richtlinien Elemente zur Orientierung auf, ebenso wie verbindliche Mindestanforderungen, um den vorgegebenen Mindestprozentsatz (7%) erreichen zu können. Dabei soll der Betrieb die Möglichkeit haben aus einem Katalog mit unterschiedlichen biodiversitätsfördernden Maßnahmen und Elementen so wählen zu können, dass der Verbandsanspruch an Biodiversität erfüllt wird und sich dabei bestmöglich in den bereits bestehenden Fahrplan des ökologischen Landwirtschaftsbetriebes kombinieren lassen.